Die Steuerung von HErZ erfolgt durch den Programmrat (PR) und die Programmleitung (PL). Die PL beinhaltet die Geschäftsstelle.

Der PR setzt sich aus dem wissenschaftlichen Beirat vom DWD, der oder dem Präsident*in des DWD und der Leitung der Geschäftsbereiche "Forschung und Entwicklung" (FE), "Klima und Umwelt", "Wettervorhersage", "Technische Infrastruktur und Betrieb" des DWD zusammen. Die wesentlichen Aufgaben des PR sind das Entwickeln des HErZ Forschungsprogramms der aktuellen Förderphase und das Bilden einer Kommission zur Auswahl und Beauftragung der externen Gutachter*innen für die Begutachtung zum Ende einer Förderphase.

Die PL setzt sich zusammen aus den Leiter*innen der Kompetenzbereiche, den Haupt-Projektleiter*innen und der Geschäftsstelle von HErZ. Die PL koordiniert die Zusammenarbeit der Kompetenzbereiche, fungiert als Schnittstelle innerhalb des Programms und wählt bei Bedarf die beiden Sprecher*innen von HErZ.

Die Geschäftsstelle setzt sich zusammen aus der oder dem Koordinator*in vom HErZ und der Leitung des DWD Referats "FE Planung und Koordinierung" (FEPK). Die GS koordiniert, unterstützt und berät den PR und die PL. Sie konzentriert sich vor allem auf Kosten- und Investitionsplanung, Projektcontrolling, Unterstützung von Vorbereitung und Durchführung der Begutachtungen sowie Öffentlichkeitsarbeit.